Etanercept ist ein dimeres Fusionsprotein, in dem zwei extrazelluläre Bindungsdomänen des p75-Anteils des TNF-Rezeptors an den Fc-Anteil des menschlichen IgG1-Moleküls angekoppelt sind (siehe Abbildung: Struktur und Wirkmechanismus von Etanercept). Es besteht damit aus dem eigentlichen Antikörper gegen TNF-alpha und einer Art "Transport-Molekül". Der Antikörper wird dabei biotechnologisch durch rekombinante DNA-Technologie in einem Zellsystem hergestellt und an menschliches Immunglobulin als "Carrier" gekoppelt. Das so entstandene Protein ist weitgehend mit dem menschlichen IgG-Protein identisch und hat damit nur ein geringes immunogenes Potential. Daraus resultiert die geringe Gefahr einer Antikörperbildung gegen Etanercept. Ein weiterer Vorteil der Kopplung an IgG besteht darin, dass die Substanz länger im Körper verweilt und seine Wirkung länger anhalten kann. Das Fusionsprotein ist ein lösliches Molekül, das mit hoher Affinität an TNF-alpha bindet.
