Um mögliche Risiken noch weiter zu verringern, werden regelmäßig strenge Kontrollen im Innern des Gebirges durchgeführt. Findet man dabei im Gestein Bereiche, die stärker aufgelockert sind, werden diese mit einer Spritzbetonauskleidung verstärkt. Dies ist auch sonst im Bergbau ein weltweit anerkanntes und erprobtes Ausbauverfahren. Die äußerst kompakte Struktur des Gneisgesteins wird zusätzlich durch eine 1,5–2 0m tiefe Felsverankerung entlang der Decke und an den Seitenwänden stabilisiert.
Natürlich lassen sich nicht alle Risiken gänzlich ausschließen, aber die massive Gesteinsstruktur, die über 50-jährige Stabilität und die seismologisch unauffällige Region lassen unabhängige Experten nicht mit großen Verbrüchen rechnen.
Der Gasteiner Heilstollen befindet sich naturgemäß im Innern eines massiven Gebirges. Ursprünglich wurde in diesem Gebiet nach Gold und Erzen geschürft, bis man, eher zufällig, die Heilwirkung des einzigartigen Klimas entdeckte.
Die bergtechnische Erschließung im heutigen Therapiebereich, welcher etwa 1,8 km horizontal und etwa 0,8 km vertikal ins Innere führt, birgt theoretisch Gefährdungspotenziale wie etwa Entgleisung eines Zuges, Ausbruch eines Feuers oder aber Steinschlag und Stollenverbruch.
Selbstverständlich wurden sämtliche Vorsichtsmaßnahmen zur Risikominimierung getroffen:
Laufende tägliche Kontrollen der Gleisanlagen mit jährlicher Wartung und abschnittsweiser Gleisneuverlegung während der Wintermonate sorgen nicht nur für eine ruhige, sondern auch sichere Einfahrt in den Tunnel. Sollte es dennoch zu einer Entgleisung kommen, ist selbstverständlich Vorsorge getroffen. So ist z.B. ein entgleister Zug über einen Laufsteg für das Rettungspersonal erreichbar. Im gesamten Stollen ist ein Telefonnetz installiert, über welches man im Notfall Hilfe anfordern kann.
Natürlich wurde bei Erstellung eines Notfallplanes auch der Ausbruch eines Brandes einkalkuliert. Die Gefahr einer raschen unkontrollierten Ausbreitung von offenen Flammen ist durch das im Stollen herrschende feuchte Klima sehr gering. Sollte es dennoch zu einem Schwelbrand in der Elektrik kommen, werden als Sicherheitsausrüstung stets Feuerlöscher, Notlampen, Bergewerkzeuge und medizinische Notfallausrüstungen mitgeführt. Ein Arzt und medizinisches Fachpersonal begleiten immer den Zug, um im Falle des Falles schnelle medizinische Hilfe leisten zu können.
Naturbedingt besteht im Stollen die grundsätzliche Gefahr eines Steinbruchs. Durch diesen Verbruch könnte eine Behinderung der Ein- und Ausfahrt für den Stollenzug entstehen. Sollte dieser unwahrscheinliche Fall eintreten, ist über ein unabhängiges System die ständige Frischluftzufuhr alle Personen garantiert, die sich im Stollen aufhalten.