Überhaupt nicht durchgeführt werden darf eine Heilstollenbehandlung in der Schwangerschaft, bei unbehandelter oder unzureichend behandelter Schilddrüsenüberfunktion (Hyperthyreose), bei allen Erkrankungen, die mit einer stark eingeschränkten Belastbarkeit des Organismus einhergehen (z.B. schwere Herzerkrankungen) und bei Krebserkrankungen („absolute Kontraindikationen“). Wenn eine Krebserkrankung wirksam behandelt wurde, ist eine Heilstollenbehandlung grundsätzlich möglich. Allerdings sollte ein Sicherheitsabstand von einem Jahr zu einer abgeschlossenen Chemotherapie oder einer Strahlentherapie eingehalten werden.
Ebenfalls strikt kontraindiziert ist eine Heilstollen-Therapie bei einer akuten Infektion. Bei schwereren Infekten sollte vor einer Heilstollen-Behandlung ein Abstand von 2-3 Wochen nach Abklingen der akuten Phase eingehalten werden.
Ob bei chronischen Infekten eine Gasteiner Heilstollen-Behandlung möglich ist, muß im Einzelfall entschieden werden. Wesentlicher Gesichtspunkt ist dabei auch, um welche Infektion es sich dabei handelt. So kann die mit der Heilstollen-Therapie verbundene Immunstimulation einerseits einen positiven Effekt auf einige chronische Infekte haben. So gehören beispielsweise chronische Sinusitiden (Nebenhöhlenentzündungen) sogar zu den Krankheitsbildern, bei denen eine Therapie im Gasteiner Heilstollen medizinisch indiziert sein kann. Andererseits ist nicht generell auszuschließen, daß es durch die mit der Heilstollen-Therapie verbundene Reizwirkung auf den Körper zu einer Aktivierung bei chronischen Infekten kommen kann. Im Zweifelsfall sollte bei Vorliegen von chronischen Infektionserkrankungen vor der Planung einer Heilstollen-Behandlung mit den Ärzten des Gasteiner Heilstollens Kontakt aufgenommen und über die Eignung entschieden werden werden.
Da ein wesentlicher Bestandteil der Heilstollenbehandlung die Therapie mit dem schwach radioaktiven Edelgas Radon ist, muß ihre Anwendung bei Kindern und Jugendlichen besonders sorgfältig abgewogen werden. Prinzipiell ist eine Radon-Therapie bei Kindern und Jugendlichen möglich, es sollte aber in jedem individuellen Einzelfall das Risiko der Strahlenbelastung gegenüber dem Risiko einer medikamentösen Therapie betrachtet werden.