Arava greift in den Pyrimidinstoffwechsel ein. Pyrimidin ist eine organische Verbindung (genau: eine heterozyklische ringförmige Verbindung von Kohlenstoff- und Stickstoffatomen) und bildet neben Purin den Grundkörper der organischen Basen, die in den Nucleinsäuren DNA und RNA vorkommen. Pyrimidin spielt eine wichtige Rolle bei der Zellteilung.
Es wird im Körper auf zwei unterschiedliche Weisen produziert: Im sogenannten Ausweich-Stoffwechsel ("Salvage-Pathway") und durch die Neuproduktion (sogenannte "de-novo-Synthese").
Üblicherweise wird Pyrimidin auf dem Ausweich-Stoffwechsel hergestellt. Einige Zellen verwenden aber bevorzugt die de-novo-Synthese. Dazu gehören die aktivierten Lymphozyten. Aktivierte Lymphozyten sind eine Untergruppe der weißen Blutkörperchen (Lymphozyten) und speziell für immunologische Reaktionen zuständig. Sie spielen eine wesentliche Rolle für die Unterhaltung chronischer Entzündungsprozesse. Bei der chronischen Polyarthritis nehmen sie eine Schlüsselposition bei der Aufrechterhaltung und Ausweitung der Krankheitsaktivität ein. Arava verhindert nun die de-novo-Synthese von Pyrimidin und blockiert damit die Vermehrung der aktivierten Lymphozyten. Es stehen damit mit der Zeit nicht mehr genug aktivierte Lymphozyten zur Verfügung, um den chronischen Entzündungsprozess aufrecht zu erhalten. Die Entzündungsaktivität der chronischen Polyarthritis geht zurück, der Krankheitsprozess wird an einer entscheidenden Stelle unterbrochen.
Arava hat neben dieser auf die aktivierten Lymphozyten gerichteten Wirkung auch eine sogenannte antiproliferative Wirkung, d.h. es bremst die Vermehrung von Geweben. Bei der chronischen Polyarthritis kommt es zu einer Wucherung der Gelenkinnenhaut, die sich fast wie ein Tumor vermehrt, in das Gelenk hineinwächst und mit zunehmender Krankheitsdauer den Knorpel und den Knochen zerstört. Wahrscheinlich beruht eine positive Wirkung von Arava bei der Behandlung der chronischen Polyarthritis auf seiner antiproliferativen Wirkung, d.h. einer unmittelbaren Verlangsamung dieser Wucherungen.