Man unterscheidet verschiedene Untergruppen von ANCA. Für die Rheumatologie und Immunologie am wichtigsten sind die c-ANCA und die p-ANCA. c-ANCA sind hochspezifisch für den Morbus Wegener, allerdings gibt es auch Patienten mit einem Morbus Wegener, bei denen (häufig gerade im Frühstadium der Erkrankung) c-ANCA noch nicht nachweisbar sind. Bei vielen Patienten mit Morbus Wegener geht die Höhe des c-ANCA-Titers (des c-ANCA-Wertes) mit der Krankheitsaktivität einher und ist damit ein guter Meßwert zur Verlaufskontrolle, auch zur Beurteilung der Wirksamkeit der Behandlung. Allerdings sieht man diesen Zusammenhang zwischen c-ANCA-Wert und Krankheitsaktivität nicht bei allen Wegener-Patienten.
p-ANCA sind bei einer Reihe von immunologischen Erkrankungen nachweisbar. Dazu gehören vor allem die Erkrankungen aus der Gruppe der nekrotisierenden Vaskulitiden, p-ANCA sind z.T. aber auch bei Patienten mit Kollagenosen oder einer chronischen Polyarthritis nachweisbar. Anders als bei den c-ANCA ist hier der Zusammenhang mit einer speziellen Erkrankung oder auch der Krankheitsaktivität einer Erkrankung nicht so eng.