Früher wurden die Chlamydien für Viren gehalten und hatten auch einen anderen Namen (Bedsonien). Ihre Besonderheit besteht im Gegensatz zu üblichen Bakterien darin, daß sie sich nur in Zellen (intrazellulär) vermehren können. Für den Menschen bedeutsam sind vor allem Chlamydia trachomatis und Chlamydia pneumoniae.

Chlamydia pneumoniae ist beim Menschen verantwortlich für Lungenentzündungen. Einige Forscher spekulieren auch, ob Chlamydia pneumoniae Arteriosklerose (Gefäßverkalkung), vor allem auch Koronarsklerose (Gefäßverkalkung der Herzkranzgefäße, die das Herz mit Blut versorgen), hervorrufen kann.

Chlamydia psittaci ist der Erreger der Papageienkrankheit, an der auch Wellensittiche erkranken können und die auf den Menschen übertragbar ist.

Chlamydia trachomatis ist vor allem in den Ländern der dritten und vierten Welt gefürchtet als Erreger des Trachoms (daher der Name trachomatis). Das Trachom ist eine Infektion der Augen, die bei der Geburt von der Mutter auf das Neugborene übertragen wird und unbehandelt beim Kind zur Blindheit führen kann. Weltweit ist das Trachom die häufigste Ursache für Blindheit. In den medizinisch entwickelten Ländern wird bei Säuglingen eine Ansteckungsvorbeugung durchgeführt (die Säuglinge bekommen direkt nach der Geburt und einige Tage danach Tropfen in die Augen, früher Silbernitratlösung, heute Antibiotikatropfen), die die Infektion verhindern.

Chlamydia trachomatis ist außerdem der Erreger der heute häufigsten Geschlechtskrankheit, der sogenannten unspezifischen nicht-gonorrhoischen Urethritis (Harnröhrenentzündung) . Die Bakterien halten sich vorzugsweise in den Zellen der Harnröhre, beim Mann auch in der Vorsteherdrüse (Prostata) oder in den Samenbläschen auf, bei der Frau am Gebärmutterhals (Zervix) oder in den Eileitern (Salpinx). Die Bakterien werden beim Geschlechtsverkehr übertragen. Eine Infektion führt bei Männern zu einem oder mehreren Symptomen bzw. Krankheitsbildern: Ausfluß und Schmerzen in der Harnröhre (Urethritis), Prostataentzündungen (Prostatitis) oder Entzündungen der Nebenhoden (Epididymitis). Manchmal verläuft die Infektion auch ganz symptomarm und wird z.T. gar nicht bemerkt. Bei Frauen kann es ebenfalls zu einer Harnröhrenentzündung kommen, allerdings ist die Harnröhre bei Frauen kürzer als beim Mann und macht deshalb häufiger nicht so starke oder gar keine Symptome, so daß eine Chlamydien-Urethritis von der Frau oft nicht bemerkt wird; weiterhin eine Entzündung des Gebärmutterhalses (Zervicitis) sowie eine Entzündung der Eileiter (Salpingitis). Besonders die Salpingitis ist gefürchtet, da es durch die Entzündung zu Verklebungen des Eileiters führen kann. Dadurch können die Eier nicht mehr durch den Eileiter passieren und die Frau wird unfruchtbar. Chlamydieninfektionen gelten als die häufigste Ursache für die Sterilität (Unfruchtbarkeit) von Frauen.

In der Rheumatologie ist Chlamydia trachomatis bedeutsam als Auslöser der Chlamydien-induzierten Arthritis, einer Erkrankung aus der Gruppe der sogenannten infektreaktiven Arthritiden. Im anglo-amerikanischen Sprachgebrauch wird die Chlamydien-Arthritis zu den sexuell übertragenen Arthritiden gezählt (SARA = sexuell aquirierte (erworbene) reaktive Arthritis).